Il Museo Diocesano ha avuto, fin dal suo nascere nel 1996, il compito di garantire la tutela e la custodia in primo luogo delle opere d’arte sacra la cui conservazione era resa precaria dalla collocazione in edifici ecclesiastici chiusi al culto, fatiscenti o insicuri.

Le collezioni permanenti, poste al primo piano, sono divise in quattro sezioni dedicate alla pittura e alla scultura, ai codici miniati, all’oreficeria sacra e al tessuto liturgico. Nella sezione dedicata alla pittura e alla scultura sono esposte opere di artisti di area bresciana e veneta. Capolavoro del Trecento veneto è la Madonna col Bambino di Paolo Veneziano; alla metà del secolo successivo risale il Polittico di Sant’Orsola di Antonio Vivarini.

Il Cinquecento locale è ben rappresentato da opere dei maggiori pittori bresciani: Alessandro Bonvicino detto il Moretto, Girolamo Romanino e Pietro Maria Bagnatore. Di Jacopo Tintoretto è il bozzetto della Trasfigurazione per la chiesa di Sant’Afra a Brescia; alla bottega di Tiziano è dato un Volto di Cristo dipinto su pietra.

Il Seicento e il Settecento locale trovano nelle opere di Giuseppe Tortelli, Gian Antonio Capello, Pietro Avogadro e Francesco Savanni i loro maggiori esponenti. La linea veneta è presente con Andrea Celesti (Madonna col Bambino e i santi Anna, Giacomo Maggiore e Benedetto), Francesco Capella detto il Daggiù (Rebecca al pozzo), Gian Battista Pittoni (Madonna col Bambino e i santi Leonardo e Francesco da Paola) e Giambattista Tiepolo (Battesimo di Costantino). La sezione dedicata all’oreficeria sacra annovera manufatti a partire dalla seconda metà del XV secolo. Tra le opere di maggior rilievo si annoverano il Reliquiario Gambara, opera di argentiere romano della metà del XVI secolo, in ebano e argento, e il Calice di Pontevico, in oro, argento e pietre preziose, realizzato dall’orefice milanese Carlo Grossi. Nella sezione dedicata ai codici miniati è possibile ammirare una raccolta di volumi manoscritti, realizzati a partire dal XII secolo; di particolare importanza il piccolo libro della Regola della Confraternita dei santi Faustino e Giovita di Collio, le cui prime due carte sono completamente miniate dal bresciano Floriano Ferramola.

La sezione dedicata al tessuto liturgico è una delle più ricche e ampie d’Italia. Vi sono conservati esempi di manifatture veneziane, italiane e francesi a partire dal XV secolo.