Nel 1622 Antonio e Domenico Comino edificarono l'attuale chiesa dedicata ai patroni della città su demolizione di edifici religiosi precedenti.

Fu rispar­miato il campanile (XII sec.) che conserva fino alla prima cella campanaria la struttura originaria in medolo. La faccia­ta con ricche decorazioni mar­moree, iniziata nel 1698 e ter­minata entro il 1711, è considerata il capolavoro di Bernardo Fedrighini.

L'interno, compiu­to fra il 1622 e il 1629 è diviso in tre navate da quattordici colonne monolitiche, con cap­pelle laterali ed affreschi, fra i quali notevoli quelli sopra le cantorie nel presbiterio (1754-1755) del quadraturista Girolamo Mengozzi Colonna e di Gian Domenico Tiepolo che raccontano l'apparizione e il martirio dei santi Faustino e Giovita; le opere si rifanno all’iconografia tipica dell’arte del grande padre Gian Battista, che pure gli aveva fornito i cartoni per gran parte degli affreschi, ma in parte già se ne differenziano, per le scene che appaiono meno altisonanti e magniloquenti, più legate alla commedia umana.

Tra le opere d'arte presenti nella chiesa: l'altare della Croce, del Vantini (primo a destra); la pala cinquecente­sca dell'Adorazione del Bambino di Lattanzio Gambara (sul secondo altare a destra); l'altare maggiore con l'urna dei Patroni di Giovanni e Antonio Carra (1623) e lo Stendardo processionale della Scuola del Santissimo di Girolamo Romanino, eseguito probabilmente nel 1535.

Nella canonica si possono ammirare altri affreschi di G. D. Tiepolo, caratterizzati da una pittura più libera e sciolta di quella del presbiterio, modulata su un tono più popolare e un portale rinasci­mentale che immette nel sette­centesco chiostro dell’Abate.