San Giovanni Battista è una delle più antiche chiese sul Lario e la chiesa madre di Varenna. Costruita probabilmente prima dell'anno 1000, dove sorgeva una precedente struttura paleocristiana, la sua forma attuale risale al 1151, quando venne ampliata.

I restauri effettuati negli anni '60 hanno permesso di riconoscere, al di sotto delle trasformazioni seicentesche, il nucleo romanico a navata unica con piccola abside, oltre alla originale copertura a capriate. Venne anche rinvenuto un arcosolio con funzione tombale situato in basso nella facciata.

La chiesa, realizzata all'esterno in pietra viva, grezza e priva di decorazioni, presenta all'interno importanti affreschi. Le pareti laterali sono ornate da affreschi trecenteschi di ottima fattura ma in cattive condizioni di conservazione; sulla parete sinistra è raffigurata un'Adorazione dei Magi, e su quella di destra San Giovanni Battista,  alcuni Santi e San Giorgio che uccide il drago. Gli affreschi dell'abside risalgono al primo Cinquecento; nel catino è la raffigurazione del Redentore tra la Vergine e il Battista contornata da un motivo a grottesche con lo stemma della famiglia Serponti. Sulla parete sinistra sono raffigurati gli episodi della Visitazione e del Battesimo di Cristo (realizzati dallo stesso artista dei precedenti).

Il campanile romanico è, infine, costruito verso lago, come era consuetudine anticamente, mentre le campane  sono quelle del 1730 donate dai nobili Serponti.