Situato all’interno del paese e facente parte di un più ampio complesso monastico benedettino, l’edificio ha origini molto antiche e dovrebbe risalire all’episcopato di Angilberto II (824-859).

La chiesa ospitava le spoglie del martire Calocero da Albenga, qui traslato nell’850, al quale risulta, tuttavia, essere intitolata a partire dal 1018. Venne ampliata in forme romaniche nell'XI secolo circa con il prolungamento del presbiterio sopraelevato e la formazione della nuova abside centrale. Il chiostro fu costruito dopo l’affidamento agli Olivetani, che, a partire dalla metà del XVI secolo, ampliarono e restaurarono il complesso.

La basilica mostra segni di rimaneggiamenti avvenuti in una fase tra Seicento e Settecento; soppresso il monastero, nel 1798 l’area fu prima adibita e filanda poi, nel 1931, riscattata da don Edoardo Gilardi e oggi adibita a casa di riposo.

La chiesa conserva, nel sottotetto, un importante ciclo di affreschi romanici, posti in relazione con il ciclo di S. Pietro al Monte, raffiguranti le storie di Mosè e Aronne, con il Miracolo delle verghe trasformate in serpenti, l’Apparizione dell’angelo, la Partenza del popolo ebreo e il Naufragio dell’esercito egiziano nella acque del Mar Rosso; sull’arco trionfale verso la facciata sono illustrate, inoltre, le Storie di Giosuè, dei Giudici e dei Re.

Originario del monastero è, infine, il famoso Messale di Civate dell’XI secolo che riporta notazioni musicali; attribuito ad uno scriptorium del luogo, è attualmente conservato presso la Biblioteca Trivulziana di Milano.

Personaggi importanti legati a Civate Le origini di Civate sono legate ad un insediamento monastico altomedievale articolato, dall' XI secolo, in due nuclei: S. Calocero al piano, presso l'attuale nucleo abitato, e la chiesa di S. Pietro al Monte. I nuclei, pur distinti, facevano parte di un'unica Abbazia, dotata anche di una ricca biblioteca, che divenne uno dei centri monastici più influenti in Lombardia, come testimoniato dalla sepoltura dell'arcivescovo di Milano, Arnolfo III, e dalla protezione imperiale, ottenuta grazie alla fedeltà dell'abate Adalgiso al Barbarossa (1162).