La Torre di Velate è una torre risalente all'XI secolo che, inserita nell'antica struttura difensiva del Limes prealpino, era destinata a presidio militare della sottostante via per Angera e il Lago Maggiore. La struttura, in pietra viva con pianta quadrangolare, raggiunge i 33,5 metri d'altezza.

Fu gravemente danneggiata alla fine del XII secolo dai milanesi vittoriosi sulle milizie imperiali e sugli alleati del Barbarossa, tra i quali figuravano i nobili di Velate. Attualmente la torre, che costituisce un punto fermo nel paesaggio collinare dei dintorni di Varese, è proprietà del FAI - Fondo Ambiente Italiano.

Dedicata a Santo Stefano protomartire, di questa chiesa si hanno le prime notizie in un documento del 1190. Verso la fine del 1400 subì un consistente ampliamento di cui oggi restano l'abside e il presbiterio, e venne costruito un nuovo altare, addossato all'abside.

Oltre allo splendido ciclo di affreschi, alle successive rivisitazioni di tipo architettonico, si può ammirare l'organo costruito da Gian Battista Biroldi  nella seconda metà del 1700.

Nel 1228 Sant'Antonio andò a Varese e nei suoi circondari con lo scopo di fondarvi monasteri. Cominciò l’opera della costruzione del convento di Varese, ed è probabile che durante il suo soggiorno varesino dimorasse proprio al cosiddetto Conventino di Velate, unica struttura dei francescani già esistente.

Va sottolineato, ad avvalorare l’importanza e la sacralità del luogo, che i primi frati di questo luogo, con ogni probabilità, avevano avuto modo di conoscere San Francesco quando era ancora in vita.

Particolarità rara nella zona, si trovano a pochi minuti da Velate. Il sentiero parte da Via Adda ed è ben segnalato. Prestare attenzione nell'avvicinarsi al fiume; in alcuni tratti il terreno è scivoloso e molto scosceso.