El Palacio Estense fue construido en la segunda mitad del siglo XVIII para convertirse en vivienda de Francesco III d'Este, Duque de Modena y Gobernador de Lombardía.

Francesco III fue hospedado por los Menafoglio en Varese en 1755 y se quedó tan impresionado con la ciudad que quiso obtenerla en feudo, como de hecho ocurre.

El Palazzo de corte fue realizado restaurando la Villa di Tommaso Orrigoni, demoliendo parte de las viviendas existentes y modificando considerablemente los espacios, de modo que pudiesen recibir mejor a la corte y a las autoridades y que fueran adecuados para las grandes fiestas que tenían lugar en el Palacio. El proyecto fue confiado al arquitecto Giuseppe Antonio Bianchi, que se encargó también de la creación del espléndido jardín settecentesco, uno de los más bonitos de toda Lombardía.

Las salas interiores del Palacio Estense están todas abundantemente decoradas con estucos pero sobre todo, es admirable el bellísimo Salón de honor. El jardín, que se une al de la Villa Mirabello, está lleno de bulevares, macizos de flores y un gran estanque circular que cada verano se ilumina con ocasión del espectáculo "Sonidos y luces", que es totalmente imperdible.

Hoy es sede de la Administración Municipal y de la Biblioteca Pública y algunas zonas se utilizan para conferencias y conciertos.